W porządku, w wersji 3.6 wprowadzono nową flagę dla konkretnego przypadku, który masz. Domyślnie jest wyłączona.
Ustaw tę flagę, jeśli chcesz używać indeksu
mongod --setParameter internalQueryPlannerGenerateCoveredWholeIndexScans=1
Więcej informacji tutaj &tutaj