Znalazłem problem.
Ponieważ zdefiniowałem swoją bazę danych w moim pliku lib.js
users = new Meteor.collection("users");
Nie muszę umieszczać bazy danych przed db.users.update({_id : "Jack"},{...}) . Muszę też znaleźć dokument używając podanego mongo _id , a nie identyfikator "username" .
więc odpowiedni kod będzie
users.update({_id : "Jack"},{$set:{age : 13, username : "Jack"}});