Po spędzeniu godzin na wypróbowywaniu wszelkiego rodzaju ustawień w plikach konfiguracyjnych i dziesiątkach restartów mysql wymyśliłem to, co wydaje się rozwiązywać problem (nie mogłem znaleźć tego w żadnej dokumentacji nigdzie)
MySQLdb.connect(server, username, password, database, local_infile = 1)