Jeśli nadal możesz się zalogować (zakładam, że nie, ponieważ nie ma tabeli użytkowników) i masz bazy danych do zapisania, zrzuć je za pomocą
mysqldump --routines databasename > outfile.sql
Bazę danych MySQL można odtworzyć za pomocą polecenia
# Most MySQL versions
mysql_install_db
# MySQL 5.7 and later
mysqld --initialize