Na podstawie przykładowej tabeli wygląda na to, że chcesz grupować według product zamiast id . Wystarczy dodać Size kolumna do obu SELECT lista i GROUP BY
$query = "SELECT
product,
Size,
SUM(Quantity) AS TotalQuantity
FROM inventory
GROUP BY product, Size";
Zauważ, że dodałem alias kolumny TotalQuantity , co pozwoli Ci łatwiej pobrać kolumnę z pobranego wiersza za pomocą bardziej sensownego $row['TotalQuantity'] , zamiast $row['SUM(Quantity)']