Nie.
Rozszerzenia MySQL i MySQLi to „sterowniki”, które dbają o komunikację między PHP a serwerem bazy danych MySQL;
oni nie zmienić zakres poleceń SQL, które rozumie serwer MySQL.
Tak długo, jak warstwa abstrakcji DB dba o to, jakie funkcje PHP mają być używane w jakim celu (a framework taki jak CI powinien z pewnością to zrobić), nie ma się czym martwić w odniesieniu do rzeczywistych zapytań.
