Hibernacja strategii nazewnictwa zmieniającej nazwy tabel

spring.jpa.hibernate.naming.physical-strategy=org.hibernate.boot.model.naming.PhysicalNamingStrategyStandardImpl

to zadziałało dla mnie. oto wersje, których używam:

Spring Boot (v1.4.2.RELEASE)
Hibernate Core {5.0.11.Final}