Zobacz ta odpowiedź
. Wygląda na to, że sterownik MySQL powinien znajdować się w {$TOMCAT]/lib
współużytkowane przez aplikacje. Sprawdź, czy nie dołączasz go do każdej aplikacji. Przynajmniej dla mnie zadziałało i udało mi się usunąć ostrzeżenie.
Jeśli używasz Mavena, zaznacz zależność zgodnie z podanym opisem.
AKTUALIZACJA:
Główną przyczyną jest to, że Tomcat ma problemy z wyrzucaniem śmieci ze sterownika, ponieważ jest on zarejestrowany w singletonie wspólnym dla kilku aplikacji. Zamknięcie jednej aplikacji nie pozwala Tomcatowi na zwolnienie sterownika. Zobacz tę odpowiedź
.