Używam XAMPP w systemie Windows i miałem ten sam problem. Myślałem, że to zmienna timeout, ale była to max_allowed_packet .
To naprawiło to:
# note the change was made at this section
[mysqld]
port= 3306
socket= "/xampp/mysql/mysql.sock"
basedir="/xampp/mysql"
tmpdir="/xampp/tmp"
datadir="/xampp/mysql/data"
skip-locking
key_buffer = 16M
# it was 1M by default
max_allowed_packet = 2M
table_cache = 64
sort_buffer_size = 512K
net_buffer_length = 8K
read_buffer_size = 256K
read_rnd_buffer_size = 512K
myisam_sort_buffer_size = 8M
Ten plik konfiguracyjny znajduje się w «katalogu instalacji XAMPP, to jest C:\XAMPP domyślnie» \mysql\bin\my.ini .
