Zmiana localhost do 127.0.0.1 rozwiązałem mój problem za pomocą MySQLdb :
db = MySQLdb.connect(
host = '127.0.0.1',
user = 'root',
passwd = '',
db = 'testdb',
port = 3000)
Korzystanie z 127.0.0.1 zmusza klienta do korzystania z protokołu TCP/IP, aby serwer nasłuchujący portu TCP mógł go odebrać. Jeśli host jest określony jako localhost , zostanie użyte gniazdo lub potok Unix.