Miałem ten problem z moim serwerem OTRS po próbie aktualizacji dużego pakietu.
Rozwiązaniem było:
kopia dla bezpieczeństwa:
cp /var/lock/subsys/mysqld /root/mysqld
niż go usunąć
rm /var/lock/subsys/mysqld
niż zamknąć wszystkie usługi zależne od mysql:
service httpd stop
service otrs stop
potem:
service mysqld restart
service httpd restart
service otrs restart
System to CentOS 6.x