podczas inicjowania PDO - czy powinienem zrobić:charset=UTF8 czy charset=UTF8MB4?

Powinieneś użyć utf8mb4 dla PDO i struktur Twojej bazy danych.

$dsn='mysql:host=example.com;dbname=testdb;port=3306;charset=utf8mb4';

Jeśli to możliwe, nie zapomnij również ustawić kodowania znaków na swoich stronach. Przykład PHP:

mb_internal_encoding('UTF-8');
mb_http_output('UTF-8');