Spróbuj owinąć swoją wstawkę zbiorczą wewnątrz transakcji.
START TRANSACTION
INSERT INTO `table_name` VALUES (data1), (data2), ..., (data1000);
COMMIT
To może poprawić wydajność, nie jestem jednak pewien, czy mySQL może częściowo zatwierdzić wstawkę zbiorczą (jeśli nie, to prawdopodobnie nie pomoże)
Pamiętaj, że nawet po 1,5 sekundy, dla 30 000 rekordów o rozmiarze ~1k każdy, robisz z szybkością 20 MB/s, co może być faktycznie ograniczone w zależności od konfiguracji sprzętu.
W takim przypadku poradą byłoby zbadanie dysku SSD lub zmiana konfiguracji RAID lub uzyskanie szybszych dysków mechanicznych (jest wiele artykułów online na temat zalet i wad korzystania z bazy danych SQL zamontowanej na dysku SSD).