Klasa przesyłania plików w CodeIgniter zrobi to za Ciebie. wpis w ich podręczniku użytkownika wyjaśnia najlepiej, jak potrafię, więc wskażę ci to.
Zasadniczo wystarczy zmodyfikować kontroler, który tam mają, aby zawierał bit, w którym umieszczasz adres URL pliku w bazie danych, co można łatwo osiągnąć, używając $this->upload->data() i wyodrębniając [pełna_ścieżka] z wynikowej tablicy, a następnie wysyłając ją do modelu, który obsługuje dane wejściowe bazy danych.