Należy przefiltrować tabelę według user_id (np. WHERE user_id=1), następnie posortować ją według czasu (np. ORDER BY datetime), a następnie ograniczyć zapytanie do jednej pozycji (np. LIMIT 1) i usunąć wynik tego zapytania. Na koniec otrzymasz takie zapytanie:
DELETE FROM LoginTime WHERE user_id=1 ORDER BY datetime DESC LIMIT 1