O ile wiem, MySQL nie obsługuje EXCEPT operator. Spróbuj zamiast tego:
SELECT File_Name
FROM Words_DB
WHERE Word_Name=" . $element . "
AND File_Name NOT IN (
SELECT File_Name
FROM Files_DB
WHERE Display=0
)
Możesz także użyć skorelowanego NOT EXISTS lub LEFT JOIN . Ponieważ nie używam zbyt wiele MySQL, nie mogę powiedzieć, który działa najlepiej.