Miał ten sam problem.
Zainstaluj MySQL Workbench
Wykonaj to zapytanie:ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY '123456789';
w MySQL Workbench
Wróć do Node.js i spróbuj ponownie uruchomić plik. Powinno działać, przynajmniej w moim przypadku.