Jeśli łączysz się z MySQL za pomocą SSL, cały ruch między klientem SSL a serwerem będzie szyfrowany.
MYSQL_CLIENT_SSL jest przestarzały. Korzystanie z mysqli, jeśli potrzebujesz korzystać z SSL,
$db = mysqli_init();
$db->ssl_set(null, null,'cacert.pem',NULL,NULL);
$db->real_connect('host','user','pass','db');