Masz duże kłopoty...
Domyślnie ibdata1 zawiera wszystkie dane tabeli (i dlatego jest tracone). Nawet jeśli skonfigurujesz go tak, aby używał osobnego pliku na tabelę, wszystkie wewnętrzne dane MySQL są przechowywane w tym pliku i o ile wiem, nie ma możliwości ich przywrócenia.
Naprawdę mam nadzieję, że masz kopię zapasową....
