Będziesz musiał skompilować go ręcznie, zamiast przez PECL. Musisz wiedzieć, gdzie jest Twoja instalacja MySQL. Nie wiem o pakietach Entropy, ale kompilacje dostarczone przez MySQL (które polecam) instalują się w /usr/local/mysql .
$ pecl download pdo_mysql
$ tar xzf PDO_MYSQL-1.0.2.tgz
$ cd PDO_MYSQL-1.0.2
$ phpize
$ ./configure --with-pdo-mysql=/usr/local/mysql
$ make && sudo make install
A to powinno doprowadzić Cię do punktu, w którym możesz go skonfigurować.
