Widzę, że to pytanie jest stosunkowo stare, ale na wszelki wypadek:
eCryptfs można uznać za system plików, więc wystarczy go zamontować, a następnie wskazać MySQL datadir
do zamontowanego katalogu. Jedyną wadą jest to, że wydaje się, że nie obsługuje O_DIRECT, ale nie sądzę, aby MySQL go używał, prawda?