Jak stwierdzono tutaj przez członka zespołu dokumentacji MySQL:
It's not atomic. The records loaded prior to the error will be in the
table.
Obejście polega na zaimportowaniu danych do dedykowanej tabeli, a następnie wykonaniu INSERT INTO ... SELECT ... co będzie działaniem atomowym. W przypadku dużych zbiorów danych jest to potencjalny problem z powodu długich transakcji.
