Jak mogę przyspieszyć zapytanie MySQL z klauzulami WHERE w dwóch kolumnach?

Musisz mieć jeden indeks w obu polach

ALTER TABLE alert_hit ADD INDEX `IDX-alert_id-timestamp` (`alert_id`, `timestamp`);

Również MySQL użyje indeksu wielokolumnowego aż do pierwszego pola, dla którego istnieje warunek zakresu w klauzuli WHERE, więc w tym przypadku kolejność ma znaczenie i timestamp powinien być ostatni w indeksie.

Zgodnie z sugestią @spencer7593 wybierając COUNT(1) zamiast count(id) może być również lepszy.