Parametry warunkowe konstruktora zapytań

Myślę, że potrzebujesz tutaj warunku "i gdzie". Albo gdzie oznacza dopasowanie jednej lub drugiej lub obu zasad. „I gdzie” działałoby tylko wtedy, gdyby obie reguły były zgodne.

Proponuję więc spróbować tego:

$users = User::with('skills')
->with('skills')
->with('positions');
if($skills)
{
    $users->whereHas('skills', function($thisquery) use ($skills)
    {
       $thisquery->whereIn('name', $skills);
    });
 }

if($positions)
{
    $users->whereHas('positions', function($thisquery) use ($positions)
    {
         $thisquery->whereIn('name', $positions);
    });
}
$users = $users->get();