Korzystanie z MySQL5InnoDBDialect po prostu mówi Hibernate, aby dodał "ENGINE=InnoDB" podczas generowania DDL podczas eksportu schematu, nic więcej. Nie jestem jednak pewien, czy istniejące tabele zostaną zmienione. Więc jeśli masz istniejące tabele używające MyISAM, być może będziesz musiał zmienić je ręcznie.
