site.cfg w tym samym katalogu co setup.py szukał złego klucza rejestru, na końcu pliku znajduje się
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
Zanurzyłem się w rejestrze i znalazłem HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ i zobaczyłem, że zamiast tego mam 5.1,
zgłaszam teraz kolejny błąd, ale to pytanie zostało przynajmniej rozwiązane;)