Jeśli die zabije połączenie z mysql, to tak, transakcja jest zamknięta. Jeśli po prostu zostawiasz zawieszoną transakcję, możesz mieć kłopoty.
Zalecam upewnienie się, że transakcja i zatwierdzenie znajdują się w tym samym mysql_query, o ile jest to w ogóle możliwe, aby upewnić się, że faktycznie się to stanie.