Zauważyłem, że dzieje się tak, gdy MySQL zużywa zbyt dużo pamięci RAM. To pytanie i ten post obie pomogły w sposobie testowania i rozwiązaniu.
Dla mnie dodanie tego do mojego /etc/mysql/my.cnf
plik naprawił problem.
innodb_buffer_pool_size = 12M
Oto jak zdecydowałem, ile pamięci przydzielić. Uruchom wszystko oprócz MySQL i sprawdź, ile pamięci jest wolnej. Ustaw bufor InnoDB na 10% tej kwoty. Dla mnie było to 12M.