Funkcja SQL date_format
nie jest częścią JPQL, jak mówi każda dokumentacja, więc nie widzę sensu w pchaniu SQL do JPQL i oczekiwaniu, że zadziała.
To, co możesz zrobić z JPA 2.1, to wywołać go w następujący sposób
function("date_format", s.date, '%Y, %m, %d')
gdzie function
to sposób na wywołanie dowolnej natywnej funkcji SQL. Oznacza to wyraźnie, że tracisz niezależność od bazy danych, ponieważ ta funkcja nie działa we wszystkich magazynach danych.