Nie jestem pewien, dlaczego chcesz to zrobić w ten sposób, istnieją lepsze sposoby, ale aby odpowiedzieć na twoje pytanie, zrób to w ten sposób:
$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";
$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);
a także pamiętaj, aby wyczyścić wyniki, w przeciwnym razie nie będziesz w stanie wykonać innego zapytania, ale nie sądzę, aby usunięcie zwróciło wynik.
while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.
pamiętaj też, że jeśli jedno zapytanie się nie powiedzie, reszta nie zostanie uruchomiona. więc aby debugować, spróbuj najpierw uruchomić każde zapytanie osobno i upewnij się, że wszystko działa, ponieważ jest to instrukcja delete, która tworzy kopię zapasową bazy danych przed uruchomieniem zapytania i przywraca w razie potrzeby.