Jak mogę migrować wersje z bugzilli do nowego niestandardowego pola „wersja źródłowa” w redmine (jakiej składni SQL potrzebuję)?

Twoje zapytanie

INSERT INTO custom_values
(Issue, issues.id, 4, versions.name)
SELECT * FROM issues INNER JOIN versions ON issues.fixed_version_id=versions.id;

należy zmodyfikować do tego

INSERT INTO custom_values
(customized_type, customized_id, custom_field_id, value)
SELECT 'Issue', issues.id, 4, versions.name
FROM issues INNER JOIN versions ON issues.fixed_version_id=versions.id;

aby był prawidłowym SQL.

Ale i tak zrobiłbym kopię zapasową... :-)