Problemy z generowaniem listy w Pythonie i przechowywaniem jej w bazie mysql

Wygląda na to, że nadpisujesz swoje listy zamiast dołączać do nich, kiedy to robisz:

for site in sites:
    items = [site.select('//h2').extract()]
    item = [site.select('//h3').extract()]
    meta = [site.select('//meta').extract()]

Myślę, że warto to zmienić na:

for site in sites:
    items.append(site.select('//h2').extract())
    item.append(site.select('//h3').extract())
    meta.append(site.select('//meta').extract())