Miałem dokładnie ten sam problem, co zgłosiłeś. Moje połączenie ODBC używało sterownika Unicode MySQL ODBC 5.3 (/usr/local/lib/libmyodbc5w.so) Chociaż mogłem połączyć się z iSQL, rzeczywiste polecenia SQL zwracały śmieci.
Próbowałem zmienić mój odbc.ini, aby zamiast tego używał sterownika ANSI (/usr/local/lib/libmyodbc5a.so). Udało się i teraz RODBC może połączyć się z moją bazą danych MySQL.