Czy można zamawiać według łącznej liczby wielu stołów?

Prawdopodobnie wystarczy trochę zmienić pierwsze zapytanie:

return Post::selectRaw('Count(likes.id) + Count(comments.id) as total_count')
        ->withCount(['likes', 'comments'])
        ->groupBy('posts.id')
        ->orderByRaw('(Count(likes.id) + Count(comments.id)) desc')
        ->paginate();