Skopiuj dane z jednej tabeli do drugiej z określonym warunkiem

Twoje LEFT JOIN z warunkiem consignment.id >id1 tworzy niemal produkt katezjański. Prawdopodobnie chcesz wstawić tylko wiersze o wyższym id z tabeli źródłowej niż najwyższy id1 w tabeli docelowej. Powinieneś użyć SELECT MAX(id) zamiast tego podzapytanie:

SELECT [..]
FROM  `eamglo5_singaporelive`.`consignment` 
WHERE `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.`processed`=1 
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.date_booked>'2018-07-17'
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.id > (
     SELECT MAX(id1) FROM eamglo5_billingsystem.`consignment`
  )