Na serwerze o pojemności 1 GB nie należy mieć wartości innodb_buffer_pool_size większej niż około 200M. Ustawienie go na 800M spowoduje zamianę. MySQL oczekuje, że jego pamięci podręczne pozostaną w pamięci RAM; gdy zostaną zamienione na dysk, wydajność strasznie spada.
Twój stół jest prawdopodobnie zbyt duży, aby można go było w całości zapisać w pamięci podręcznej. Tak więc „skanowanie tabeli” spowoduje wyrzucenie pamięci podręcznej, czyniąc pamięć podręczną bezużyteczną, a zapytanie będzie działać z prędkością dysku. Znajdź sposób na uniknięcie takich zapytań lub uzyskaj więcej pamięci RAM.