Nie znam stopnia czystego Pythona chcesz użyć do kopiowania, ale możesz po prostu delegować całą operację potoku do powłoki.
subprocess.Popen('mysqldump -h localhost -P 3306 -u -root mydb | mysql -h localhost -P 3306 -u root mydb2', shell=True)
Powinno to działać tak samo, jak po uruchomieniu w powłoce.