To zależy od używanego silnika pamięci masowej. Tabele MyISAM nie obsługują indeksów klastrowych, więc klucze podstawowe w tabelach MyISAM nie są klastrowane. Klucz podstawowy w tabeli InnoDB jest jednak zgrupowany.
Powinieneś zapoznać się z podręcznikiem MySQL aby uzyskać więcej informacji na temat zalet i wad każdego silnika pamięci masowej.
Musisz mieć klucz podstawowy; jeśli sam go nie utworzysz, MySQL utworzy dla Ciebie ukryty. Zawsze możesz po prostu utworzyć pole AUTO_INCREMENT dla klucza podstawowego (myślę, że jest to lepsze niż posiadanie w tabeli ukrytych pól MySQL).