...
PARTITION p0
VALUES LESS THAN (1288562400000)
DATA DIRECTORY ="C:\\foo\\bar"
INDEX DIRECTORY ="C:\\foo\\baz",
...
Pamiętaj, że wymaga to wyłączenia NO_DIR_IN_CREATE
Jak wskazuje user963602 nie działa to bezpośrednio w systemie Windows z powodu błędu MySQL, zobacz mój komentarz, aby uzyskać obejście