Zapobiegaj nadpisywaniu tablicy i zamiast tego utwórz nowy indeks tablicy

Dane w tablicy są nadpisywane, ponieważ ponownie przypisujesz wartość $key za każdym razem, gdy zostanie napotkany.

To, co chcesz zrobić, to utworzyć dodatkową tablicę jako $key wartość i wepchnij węzły do ​​tej tablicy w ten sposób, że otrzymasz oczekiwany wynik.

[
    'NM1' => ['...', '...'],
    'PR1' => ['...', '...']
]

Kod byłby,

while (($row = fgetcsv($handle, 1000, ";", "\"", "\n")) !== FALSE) {
    $key = array_shift($row);
    // Notice the extra []
    $data[$key][] = $row;
}

Każdy klucz będzie teraz zawierał tablicę z węzłem dla każdego napotkanego wiersza.