Nie jestem pewien co do mySQL, ale w MSSQL możesz zmienić sortowanie w zapytaniu, więc na przykład jeśli masz 2 tabele o różnych sortowaniach i chcesz je połączyć lub jak w twojej sytuacji, możesz stworzyć UNION
select column1 from tableWithProperCollation
union all
select column1 COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS from tableWithDifferentCollation
Oczywiście SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS to tylko przykład sortowania, do którego chcesz "przekonwertować"