Logujesz się do HeidiSQL jako root , więc pokazuje wszystkie bazy danych, ale logujesz się do mysql.exe jako bieżący użytkownik systemu Windows (ponieważ jest to ustawienie domyślne), więc pokazuje tylko te bazy danych, które ten użytkownik może zobaczyć. Jeśli uruchomisz mysql.exe z --user=root --password=... , pokaże Ci wszystkie bazy danych.
