Dlaczego warto korzystać z podselekcji? INSERT INTO ... SELECT istnieje:
INSERT INTO crawlLog (companyId, timeStartCrawling)
SELECT companies.id, NOW()
FROM companies
LEFT OUTER JOIN crawlLog
ON companies.id = crawlLog.companyId
WHERE crawlLog.companyId IS NULL
LIMIT 1
I w ten sposób nie powinien narzekać na używanie tabeli zarówno w części INSERT, jak i SELECT