Lepiej później niż wcale)
Jeśli używasz najpierw kodu i klas mapowania ręcznego, użyj konfiguracji HasColumnType("INT") dla właściwości int.
Na przykład:
var entity = builder.Entity<APP_TABLE>();
entity
.HasKey(x => x.ID)
.ToTable("APP_TABLE", "SCHEMA");
entity
.Property(x => x.ID)
.HasColumnType("INT");