Czy próbujesz przesłać pliki FTP z systemu Linux do systemu Windows? Czy pliki tekstowe mają treść w języku angielskim? Wygląda na to, że występuje niezgodność zestawu znaków.
Stara wersja serwerów/klientów ftp obsługiwała tylko tryb ASCII, a później została zaktualizowana do UTF-8. Spróbuj więc zaktualizować wersję klienta ftp.