Jaka jest najlepsza metoda, aby zawsze uzyskać 2 miejsca po przecinku w Oracle?

Możesz po prostu użyć ROUND()

$sth = $dbh->prepare("SELECT ROUND(net_total,2) FROM order_totals WHERE order_no = $id");

Albo jeszcze lepiej:

$sth = $dbh->prepare("SELECT TO_CHAR(net_total,'99.99') FROM order_totals WHERE order_no = $id");