Zainstalowałeś JRE, a nie JDK.
Aby skompilować natywny kod JNI, musisz zainstalować JDK, który zawiera odpowiedni nagłówek jni.h, a także nagłówki specyficzne dla systemu operacyjnego.
Gdy to zrobisz, zaktualizuj swoją ścieżkę dołączania do
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux
