Jeśli niekoniecznie musisz to robić w SQL, możesz po prostu posortować zwróconą listę obiektów bezpośrednio w pythonie.
Przykład (przy użyciu posortowanego języka Python funkcja)
results = session.query(user).filter(user.id.in_(A)).all()
results = sorted(results, key=lambda o: A.index(o.id))
