Jasna cholera, sam to rozgryzłem. Wystarczyło usunąć sprzężenie w definicji metody:
def self.from_users_followed_by(user)
followed_user_ids = user.followed_user_ids
where("user_id IN (?) OR user_id = ?", followed_user_ids, user)
end
user.followed_user_ids.join(', ')
daje to:"1, 2, 3"
podczas
user.followed_user_ids
daje to:1, 2, 3
właśnie tego chciałem.