Hibernate Distinct z zamówieniem według

Nie ma sensu porządkowanie według kolumny, która nie jest częścią wybranego distinct kolumny.

Ponieważ nie łączysz się z kolekcją, twoje rekordy i tak będą różne (przynajmniej PK będzie się różnić), możesz po prostu pominąć odrębne:

select distinct city 
from City city 
  where city.id is not null 
    and upper(city.name) != upper('Unknown')  
    and city.state.id =:stateId 
order by upper(trim(city.name))

Ogólnie rzecz biorąc, jeśli w zestawie wyników rzeczywiście znajdują się duplikaty i chcesz je wyeliminować, możesz to osiągnąć za pomocą podzapytania:

select city
from City city
  where city.id in (select c.id from City c join c.someCollection sc where ...)
order by upper(trim(city.name))

Inną zaletą tego podejścia jest to, że prawdopodobnie jest ono lepsze pod względem wydajności, ponieważ distinct łączenie wierszy jest zwykle kosztowną operacją w bazie danych.